Posteriormente es nombrado Delegado del Partido Revolucionario Cubano en esta región y durante la Guerra Necesaria alcanza los grados de Mayor General del Ejército Libertador.
Luego del fracaso de la Guerra de los 10 Años e iniciados los preparativos para una nueva contienda, Periquito cae en una trampa tendida por un familiar suyo, Santos Pérez, y se alza en Palma de San Juan con unos pocos hombres, que fueron atacados y dispersos.
En esa acción cae prisionero y llevado al Castillo de El Morro, en Santiago de Cuba, y condenado a la pena capital, pero afortunadamente escapa milagrosamente al lanzarse por un barranco y se evade atravesando las afiladas rocas que rodean a esa fortaleza militar. De inmediato se incorpora a las fuerzas mambisas.
A principios de 1895, Periquito contacta con el patriota Emilio Giró Odio, quien viajó desde Costa Rica comisionado por El Mayor General Antonio Maceo para trasmitir la orden de acelerar los preparativos para la guerra, toda vez que el levantamiento armado se produciría en fecha cercana.
El 17 de febrero, Tomás Muñoz y Apolunio Cuevas entregan a Pedro A. Pérez la orden del alzamiento en arma, que se produciría una semana después y que la historia recoge como el Grito de Baire.
Las numerosas y exitosas acciones militares convierten a Pedro A. Pérez en el más grande estratega local, el que participa en el combate de Ulloa, en la búsqueda de los expedicionarios de la goleta Honor, entre ellos los Generales Antonio y José Maceo y Flor Crombet. Va al encuentro de José Martí y Máximo Gómez, quienes arribaron por Playitas de Cajobabo, y del General Calixto García, quien llega a Cuba por Baracoa.
En el combate de Arroyo Hondo Periquito demuestra de su gran valentía, ocasión en que 200 mambises arrollaron a una columna de 600 españoles que tenían la misión de capturar a los principales jefes de la Revolución, José Martí y Máximo Gómez.
La intervención de los Estados Unidos en el conflicto Cuba-España, que frustra la independencia de la Patria, no es visto con buenos ojos por Periquito, quien ante la nueva situación se pronuncia a favor de la soberanía absoluta, y reafirmó su disposición de continuar la lucha por 30 años más si la independencia no quedaba asegurada.
La labor unitaria, la lucha armada para alcanzar la independencia, la proyección en defensa de la identidad nacional durante la etapa de intervención y ocupación norteamericana y el surgimiento de la República, sintetizan los valores aportados hasta su muerte, el 14 de abril de 1914, en su finca de Boca de Jaibo, de este genuino patriota, orgullo de los guantanameros
